在胚胎發育過程中，神經元遷移異常，不能遷移到大腦表面的正常部位，稱為灰質異位。神經元應逐漸從腦室周圍的室管膜下開始遷移，但由于遷移過程中出現停留，或聚集在室管膜下，形成異常神經元，而導致異常放電，引起癲癇，甚至可達到70%-80%的概率。若癲癇發作時期較早，還會導致認知、智力、語言等功能障礙。但若灰質異位范圍較小，且癲癇發作年齡也較晚，可能對智力影響較小。