腸內營養粉劑有很多種，分類不是看糖、能量，它的分類主要是看蛋白質，根據腸內營養粉中蛋白質的形式分類。比如最常見的是整蛋白，是用整蛋白水解物作為氮源。另外還有蛋白質短肽、蛋白質氨基酸。氨基酸或者短肽的腸內營養粉，特別適合消化吸收功能發生問題的病人。因為腸道對蛋白質水解的功能受損，所以像放射性腸炎、短腸綜合征、腸道功能受到嚴重損害的病人，可以給短肽型或者氨基酸型腸內營養制劑。市面上最多的腸內營養制劑是水解蛋白，也就是蛋白質比如來自優質的大豆蛋白，經過預先處理，分解成氨基酸、短肽等制劑，適合消化吸收功能發生問題又需要很多營養而普通膳食受限的病人。