結腸炎有兩種，一種叫慢性腸炎，常由細菌引起。比如慢性痢疾，現在已經少見，這時服用消炎藥，如黃連素類的藥物； 另一種慢性腸炎，稱為免疫性疾病，如潰瘍性結腸炎、克隆氏病，就不能服用消炎藥，要使用免疫抑制劑治療，這是口服的藥物。 部分結腸炎患者可通過灌腸，這種方式局部藥的濃度高，而全身吸收的比較少。因每一種藥物通過口服后是需進入血液內才能吸收較好，但存在一定的副作用。 如果是灌腸，則藥物只能在腸子內部維持較高的濃度，所以除了吃藥以外還可灌腸，通過結腸給藥減少藥物的副作用，但是需要在消化科醫生指導下使用，因為需區別是由細菌引起的腸炎，還是免疫出了問題，這兩樣用藥完全不相同，所以不能隨便用藥。 如一般的慢性腸炎，可用一些黃連素較多見，或是目前不經常使用的磺胺類等，而使用黃連素較為安全。 免疫性的潰瘍性結腸炎治療藥物多數都有副作用，像激素類藥物的使用應該慎重，一定要在醫生的監護下使用，因激素類藥物可引起高血壓、潰瘍病、糖尿病等。