患者肛門疼痛時一般依據疼痛的原因不同，使用藥的種類也會有所區別，具體如下：1、局部皮脂腺囊腫：若患者局部伴有皮脂腺囊腫而引起疼痛，建議患者采用如意金黃膏或活力碘濕紗布持續外敷，每次敷的時間至少在15-20分鐘。通過局部外敷，可以使病情較輕的皮脂腺囊腫并感染自行吸收，從而取得較好控制炎癥、減輕疼痛的效果。但若患者局部皮脂腺囊腫感染較嚴重，局部藥物外敷后時膿腫局限液化。此時單純使用藥物，治療效果不佳，可行膿腫切開引流來清除局部的壞死組織，從而可以較快的減輕炎癥、改善疼痛癥狀；2、痔瘡：伴有痔瘡的患者也可造成肛周的疼痛癥狀，尤其是血栓性外痔，此時發生較嚴重的痔核脫出、肛周水腫，痔核不能還納入肛門內。一般患者可使用復方黃柏液進行溫水坐浴，從而改善局部血液循環、減輕組織水腫。此外，也可通過外擦龍珠軟膏、馬應龍痔瘡膏(馬應龍麝香痔瘡膏)、太寧栓(復方菜角酸酯栓)、牛黃痔清栓等藥物，適當用藥能減輕患者的疼痛。但若用藥后患者的疼痛仍無法改善，此時也可考慮手術治療。