對于男性霉菌性龜頭炎，首選克霉唑軟膏。克霉唑軟膏是抗真菌的軟膏，推薦每天涂抹2次，堅持使用1周左右，會有顯著的改善。為了避免該病的反復復發，推薦持續使用4周以上。在治療期間，要注意保持龜頭的干燥、清潔，推薦每天至少用溫水清潔2次。局部可以外抹紅霉素軟膏，作為交替使用也完全可以。對于反復的包皮炎癥、包皮過長，推薦盡早做包皮環切的手術，否則霉菌性龜頭炎容易反復復發。在治療期間，盡量規避性生活，實在無法避免，推薦一定要使用避孕套。由于霉菌性龜頭炎的致病因素是真菌，特別容易反復交叉傳播，造成感染遷延難愈。