霉菌性龜頭炎可以使用克霉唑軟膏、丁克軟膏涂抹，克霉唑軟膏對真菌、霉菌有明顯治療效果，丁克軟膏對多種耐藥霉菌有明顯治療效果。也可以使用達克寧軟膏，涂抹1小時后需用清水沖洗干凈，丁克軟膏也需在1小時后用清水沖洗干凈。霉菌性龜頭炎還可以用3%的硼酸洗液局部清洗，多數病人霉菌性龜頭炎癥狀會徹底好轉。霉菌性龜頭炎還可以用派瑞松軟膏(曲安奈德益康唑乳膏)局部涂抹，曲安奈德益康唑乳膏對多種霉菌有明顯治療效果。通過涂抹曲安奈德益康唑乳膏治療，多數病人霉菌性龜頭炎癥狀會明顯好轉。霉菌性龜頭炎需消毒內褲，在治療期間不能同房。