如果中青年男性或青壯年男性患有輕度霉菌性龜頭炎，則有可能自愈，但前提條件是身體條件、機體免疫力、機能狀況較好，并具有良好的個人衛生習慣。但絕大多數霉菌性龜頭炎的患者，自愈較困難，因為局部的解剖條件，決定會陰部外生殖器是容易潮濕、濕熱、封閉的環境。因此一旦感染霉菌或真菌，會形成良好的真菌繁殖環境。因此多數患者需要借助藥物進行輔助治療，但前提條件是患者保持良好的個人衛生習慣，如勤洗澡、勤換內衣褲，多喝水，從而多排尿，以沖刷尿道，保持泌尿生殖系統的基本健康和清潔狀態。在上述基礎之上，可以使用針對真菌的外用藥膏，比如達克寧軟膏。臨床上通常使用達克寧軟膏治療足癬，即腳氣，但在發病原理上，足癬與霉菌性龜頭炎相同，所以霉菌性龜頭炎同樣可以使用達克寧軟膏，涂抹于龜頭局部的患處，以達到控制局部真菌的治療目的。