細菌龜頭炎通常可以采用外用的抗細菌藥物進行治療，如百多邦、紅霉素軟膏等。細菌性的龜頭炎通常臨床上多好發于一些包莖或者包皮過長的男性，這些男性由于存在這類泌尿生殖系統畸形，從而導致包皮垢的聚集，而這些包皮垢的聚集通常也可能引起細菌、真菌、支原體、衣原體、滴蟲這種病原體的感染，在臨床上就會導致包皮龜頭炎或者龜頭炎的癥狀出現。包括包皮龜頭的紅、腫、疼痛、紅點、紅斑，或者出現糜爛、潰瘍、出血，甚至引起一些膿性分泌物的存在，局部外用抗生素軟膏可以起到殺菌抗炎的作用，局部使用清洗劑定期清洗，也有助于控制包皮龜頭炎的癥狀反復發作。對于反復發生包皮龜頭炎、包莖又比較明顯的成年患者，必要時也可以選用包皮環切術進行治療，降低細菌性龜頭炎的發病幾率，在臨床上相對也是比較好的選擇。