幽門螺桿菌的檢查方法主要分為兩大類，包括胃鏡下檢查和非胃鏡檢查。胃鏡下檢查一般通過做胃鏡取胃部的一小塊組織，一般取胃竇部位，即幽門螺桿菌容易聚集的部位。首先可以用培養法，把所取組織放在培養皿里，給予適合的生長條件，看是否有細菌生長；胃鏡下檢查也可以用快速尿素酶法，測定所取組織的尿素酶含量判斷；還有也可以通過顯微鏡下，直接觀察胃組織是否存在幽門螺桿菌感染，這三種辦法主要是通過胃鏡的檢查方法進行。非胃鏡方法，臨床上用的最常見的也是最方便的方法是吹氣試驗，即C-13或C-14呼氣試驗。根據同位素標記判斷，即服用對比劑以后，通過吹氣來判斷前后變化，判斷是否存在幽門螺桿菌感；還有通過抗體檢測，主要是檢測血液或尿液中是否有幽門螺桿菌抗體；抗原檢測，主要通過檢測大便中是否存在幽門桿菌抗原。