幽門螺桿菌的檢測方法，臨床上分為侵入性和非侵入性。侵入性大部分通過胃鏡取活檢，或通過快速尿素酶試驗取組織檢測，叫侵入性檢查。 非侵入性檢查包括臨床上應用比較多的碳13，或碳14呼氣試驗，判斷胃里幽門螺桿菌的存在情況。碳13和碳14是同位素，一般碳13沒有任何輻射，多運用于孕婦、小兒的檢測。還有部分患者對輻射非常介意，也可以選擇碳13。因為相比碳14呼氣試驗可能價格更貴，除小兒、孕婦之外，其他人群大部分選用碳14呼氣試驗。 除呼氣試驗可以檢查之外，現在體檢抽血也可以檢測血里幽門螺桿菌的抗體，還有大便里也可以檢測抗原抗體，這些都是非侵入性檢查。