幽門螺桿菌的檢查方法分為侵入性和非侵入性，以非侵入性檢查為主，包括C14或者C13呼氣試驗、血清HP抗體檢測、糞便HP抗原檢測。侵入性檢查主要依靠胃鏡檢查時進行胃黏膜活檢、胃黏膜組織快速尿素酶試驗、胃黏膜組織切片染色、細菌培養、基因檢測等。 除血清學檢測外，其他方法檢測前需停用質子泵抑制劑2周、鉍劑和抗菌藥物4周，根治后建議4-8周進行復查，使用快速尿素酶試驗復查。14歲以下兒童不推薦常規檢測幽門螺桿菌。非侵入性檢查比較容易被人們接受，C13或者C14呼氣試驗準確率高達95%以上，因此，目前多采用C13或者C14呼氣試驗檢測幽門螺桿菌。