檢查幽門螺桿菌方法較多，分為有創和無創兩種類型。有創檢查指必須通過做胃鏡活檢才能檢查。無創檢查指抽血、留大便或呼氣試驗。常用尿素呼氣試驗，包括碳13呼氣試驗、碳14呼氣試驗，其次是糞便抗原檢測，另外抽血也可以查分子生物學基因。 有創檢查方法常用快速尿素酶試驗，組織學檢查即取活檢后做病理組織學檢查抗幽門螺桿菌。如果需做培養加藥敏試驗，可以進行培養加藥敏試驗。另外還有分子生物學方法，即基因檢測。