當佩戴矯治器后，清潔牙齒成為一件非常重要的事情。刷牙時，盡可能讓牙刷的刷毛伸進托槽、弓絲之間的部位，以清除托槽近、遠、中面上的菌斑。刷牙的力量不可過小，選用的牙刷刷頭要小，刷毛中等硬度。研究表明，電動牙刷清除菌斑的效率很高。弓絲下方被遮擋的牙面可使用間隙刷來清潔，還可以使用牙線來清潔牙齒里面。早晚認真刷牙是清除菌斑的首要方法，目前推薦使用改良巴氏刷牙法。由于牙齒的唇頰面被托槽、帶環和弓絲分隔成上下兩部分，所以應該分兩個步驟來刷牙。以刷上牙為例，第一步，將牙刷刷頭與牙面、頜面呈現45°角向上，先清潔牙齒的下半部分，即托槽的頜方表面和牙齦邊緣部分。第二步，將牙刷的刷頭旋轉朝下，但仍然與頜面呈45°角向下，主要清潔牙齒上半部分，即托槽的齦方表面。