一般普通型手足口病對患兒的危害性不大，1周左右可自愈。但重癥手足口病尤其是EV71感染所引起的手足口病，危害性相對較大，因為手足口病可以引起中樞神經系統受累，主要表現為精神差、嗜睡、易驚及頭疼、嘔吐，部分患兒會表現為肢體抖動及急性的肢體無力、頸項強直等腦膜炎、腦炎或者是脊髓灰質炎樣的綜合征改變等；危重型手足口病甚至可以表現為心肺功能衰竭，比如心動過速、急促以及口周發紺、咳粉紅色泡沫痰，甚至可能為血性液體，有些患兒甚至出現持續性血壓下降或休克表現，所以這部分孩子有可能會遺留一些神經系統的后遺癥或者心肺功能方面損傷，比如說肢體運動障礙或者語言障礙等，有可能會影響到以后的學習和生活，個別嚴重的危重癥手足口病患兒甚至會出現死亡。