流行性腮腺炎常見的并發癥主要是有病毒性腦膜腦炎、急性胰腺炎、睪丸附睪炎、卵巢炎等。病毒性腦膜腦炎多發生于腮腺腫大后一周左右，主要表現是發熱、頭痛、嘔吐、嗜睡、驚厥、抽搐或者是頸項強直等。急性胰腺炎的表現主要是中上腹的疼痛，還有壓痛，伴有嘔吐，有發熱、腹脹、腹瀉或者便秘等癥狀。青春期的兒童可以累及到性腺，男性的主要表現是睪丸附睪炎，也表現高熱、寒戰、頭疼、惡心或者下腹疼痛。患側的睪丸有的腫疼，伴有強烈觸摸疼，陰囊臨近皮膚有水腫，有發紅表現，陰囊的鞘膜腔內也可以見黃色的積液。女性患者主要表現是卵巢炎，有發熱、嘔吐、下腰部的酸痛，下腹部輕壓的疼痛，或者是月經周期性的失調等。其他的并發癥，像心肌炎、腎炎、肝炎、乳腺炎、甲狀腺炎，或者是血小板減少、關節炎等。眼睛的并發癥有淚囊炎、鞏膜炎或者虹膜睫狀體炎、視乳頭炎等嚴重的并發癥。