流行性腮腺炎常見的并發癥主要有病毒性腦膜炎、急性胰腺炎、睪丸附睪炎、卵巢炎等。病毒性腦膜炎多發生于腮腺腫大后一周左右，主要表現是發熱、頭痛、嘔吐、嗜睡、驚厥、抽搐或者頸項強直等。急性胰腺炎的主要表現是中上腹疼痛以及壓痛，伴有嘔吐、發熱、腹脹、腹瀉或者便秘等癥狀。青春期的兒童可以累及到性腺，男性的主要表現是睪丸附睪炎，也表現高熱、寒戰、頭疼、惡心或者下腹部疼痛。女性患者主要表現是卵巢炎，有發熱、嘔吐、下腹部輕壓痛或者月經周期性失調等。除此之外，還可出現其他并發癥，如心肌炎、腎炎、肝炎、乳腺炎、甲狀腺炎等。