胸腺瘤也分為良性和惡性，良性胸腺瘤手術切除以后，基本上沒有復發轉移的可能或者可能性很小；惡性胸腺瘤與惡性腫瘤一樣，有復發和轉移的傾向。分辨良惡性胸腺瘤，需要把切除的胸腺瘤進行病理檢查。其中包膜是否受侵就是判斷良惡性的一項指標；另外，還可以根據其他細胞形態，包括核分裂情況，幫助判斷其良惡性。一般來講，如果發現報告上顯示包膜受侵，提示腫瘤有惡性的傾向，會侵犯包膜，有可能向周圍繼續生長，甚至出現轉移。侵犯包膜本身并不代表已經轉移，或者對身體產生不良的影響，它只是從病理上提示腫瘤惡性程度比較高，對于將來的治療應該更積極。對于惡性胸腺瘤，即使通過很徹底的手術切除，還會建議患者術后局部再輔助放療，降低轉移和復發的幾率。