EMR手術適應癥主要是消化道病變，包括上消化道、下消化道的息肉性病變、＜2cm的早癌以及其他的良性病變，甚至異位胰腺等。如果病變比較小，可以考慮用EMR的方法；如果病變大，就要考慮用ESD的方法來進行病變的切除。如果病變比較大超過2cm，有凝血功能異常，考慮病變侵犯到黏膜下層，EMR的方法不能保證切干凈，特別是早癌的病人，不能判定切干凈的情況下，不建議采用EMR的方法。另外，對腫瘤性病變，惡性度比較高的病理性質為低分化腺癌的患者，不建議采用EMR的方法。