EMR手術是一種微創手術。在內鏡手術難易程度分級中處于2-3級。EMR手術的風險大小與醫生的經驗密切相關。如果醫生手術做的比較多，經驗就相應豐富，患者出現并發癥的幾率就會大大減少。EMR是一種相對比較安全、可靠的手術辦法。EMR手術可能的并發癥包括出血、穿孔、局部感染，還有病變切除不干凈的可能性。適用于良性病變，但對于惡性的消化道的早期腫瘤性病變，不建議用EMR的方法，使用ESD的方法比較可靠。一種術式可以治療多種疾病，不同的疾病可以通過不同的術式進行治療，消化道黏膜性病變或者腫瘤性病變究竟采取哪種方法因人而異，要根據醫生的臨床經驗進行選擇，能夠達到病變的完全切除、完全治愈的辦法都是有效的辦法。