錯頜畸形的預防各個時期都應該注意。首先要優生，保證胎兒的正常發育。母親懷孕期間注意飲食和營養，保持身心健康，避免放射線照射和接觸有毒有害物質。嬰兒時期注意喂養，如母乳喂養和用奶瓶喂養都盡量不要壓迫孩子的上頜骨和下頜骨，有正確的姿勢。還有睡眠，有的孩子習慣偏向一側睡覺，長期如此可能臉和骨頭發育不對稱也可引起錯頜畸形。定期檢查，早期糾正不良習慣，兒童時期食物要多樣性，不偏食，營養均衡，及時發現和治療全身性疾病，如佝僂病、消化不良、扁桃體腫大、鼻炎等，保持呼吸道通暢。建立良好的口腔衛生習慣，正確刷牙，用氟化物、窩溝封閉防止蛀牙。兒童蛀牙可引起換牙障礙，使相鄰的牙齒移位造成錯頜。如蛀牙產生疼痛，孩子會養成偏側咀嚼的習慣，久而久之，會使面部的發育不對稱。定期進行口腔檢查，早期發現問題，早期干預和處理。如乳牙沒有到換牙的時候就掉了，要把間隙保持好，如恒牙出來但乳牙還沒有掉，要把滯留的乳牙及時拔掉，如多生的牙齒把正常牙齒萌出的位置占住了，也要及時拔掉。有的牙齒長在骨頭里或牙齦里出不來，要進行開窗，把表面的牙齦甚至骨頭去掉，幫助牙齒長出。