有一些先天性心臟病常見的普遍并發癥，也有一些比較特殊的并發癥。從這個疾病的角度來說，它是一個肺充血的病變，那這些病人都有充血性心功能衰竭的疾病過程。在疾病的早期大量的左向右分流，導致這些血流從動脈干進入左右肺動脈。左右肺動脈作為低壓系統，長期的肺充血會造成病人呼吸急促，有時候體力下降，小嬰兒吃奶比較費力，吃吃停停，同時也有一些身體發育落后，生長落后，包括夜間盜汗之類的一些常見的先天性心臟病，導致充血性心功能衰竭的癥狀。這些病人比較容易出現肺部的感染，同時也有可能會形成感染性心內膜炎，或者是其它的一些特殊的并發癥。由于這個疾病的病人，左心室和右心室的有氧血流和無氧血流進行混合以后，再進入動脈干，而動脈干里面，又有左心室的血流，又有右心室的血流，也就是說它進入肺臟的這些血液的氧飽和度和進入體循環的血液的氧飽和度是一樣的。那這些病人往往會出現一些身體發紺的表現。并不像常見的室間隔缺損之類的左向右分流的肺高壓性疾病。所以這些病人由于身體的氧飽和度降低，還可能會出現腦膿腫之類的這些問題。由于這些血流長期沖擊肺動脈系統，所以這些病人非常要緊的并發癥。就是隨著年齡的增長，隨著疾病病程的推移，這些病人很容易在低年齡期就出現艾森曼格綜合征，這個是非常要緊的。