永存動脈干作為一種復雜的先天性心臟病，跟其它的先天性心臟病是一樣的。預后要從兩個方面來考慮，一個是接受過手術病人的預后，還有一個是沒有接受過手術，這些病人的預后如何。如果能夠在低年齡期早期發現、早期診斷、早期接受手術，病人未來的預后是比較好的。當然有一些病人沒有可能或者是沒有條件在低年齡期得以診斷，或者是沒有條件接受手術，那這些病人一直存在異常的血流動力學，血液循環的方向一直不正常，長期存在肺充血、存在充血性心功能衰竭，這些病人的心肺功能會越來越差。由于有一些病人可能出現了艾森曼格綜合征以后他的左向右分流，肺充血的情況隨著肺阻力的升高，好像似乎會有一些癥狀上的改善，但是這些病人隨著疾病進入晚期，進入晚期病程的過程中肺阻力越來越高，往往會出現不可逆的包括艾森曼格綜合征晚期的這些損害，那這樣子，病人的自然壽命肯定是要比正常人群要短。那些接受過手術的病人，如果能夠在正確的時機，正確的方案，通過正確的治療，得到了救治以后，這些病人的自然壽命根據目前的資料來看，往往可以接近正常人。