穿刺組織活檢診斷的準確率與穿刺得到的標本有很大關系，穿刺病變組織大小、所在位置、病變組織的形態特征等，均能夠影響診斷準確性。穿刺組織體積大，穿刺到典型的病變區域則準確率比較高。 相反如果穿刺組織小，沒有穿刺到典型病變區域，或者病變本身就具有多樣性、不典型性、復雜性，很難做出準確診斷。 隨著病理診斷技術的提升，分子病理檢測、免疫組化檢測項目的廣泛應用，穿刺組織活檢準確率也在逐步提高，使現在病理科的穿刺標本越來越多。比如淋巴瘤疾病以前不能夠進行穿刺進行診斷，而現在基于基因重排的檢測、FISH檢測項目的應用，以及充分的免疫組化項目的廣泛檢測，大部分淋巴瘤都能夠從穿刺標本中得到準確的診斷。 總體而言，穿刺標本診斷準確率低于常規病理診斷，但是隨著醫療技術的提升，現在穿刺標本的準確率也在逐步提升。