真菌本身的生長方式以及它對藥物的不敏感性，所以治療起來非常棘手。如果放在過去失明的幾率還是比較高，但是隨著醫學科學的發展強效抗真菌藥物的出現，真菌性角膜炎失明的幾率在逐漸下降。目前抗真菌比較有效的藥物有伏立康唑，對真菌的抑制有很強的作用。一方面有這些比較特效的或者抗真菌效果比較好的藥物的出現，使真菌性角膜炎的治愈率有了很大的提高。另一方面隨著角膜移植技術不斷完善，以及角膜捐獻、角膜供體材料的逐漸增多，對藥物難以控制的真菌性角膜炎，可以采取角膜移植的方式，使真菌性角膜潰瘍或者真菌性角膜炎得到徹底的根治，避免真菌性角膜炎的患者出現失明。