真菌性角膜炎一般不會引起頭痛，因為它的反應比較輕，它主要不是病變侵犯到了神經。三叉神經一般分為三個支，比如眼支、上頜支和下頜支，當病變影響到三叉神經的眼支時，才會引起頭痛，而真菌性角膜炎主要侵犯角膜的實質層，一般不會引起三叉神經的病變，所以一般來說真菌性角膜炎不會引起頭部的疼痛，主要是引起眼部的一些病變刺激癥狀，自覺癥狀比較輕，主要表現為眼部輕微的卡壓、異物感，沒有侵犯三叉神經，一般不會引起頭部疼痛。