眼部真菌感染需要進行抗真菌治療，一旦發生眼部真菌感染，目前藥物選擇比較有限，如兩性霉素B或氟康唑眼藥水，可能需要自行配制，市面能夠購買藥品價格比較昂貴，所以預防真菌感染較為重要。一旦發生真菌感染，早期發現、早期診斷、早期治療十分關鍵，因為真菌感染后期較為頑固，真菌菌絲可以穿透角膜全層，導致角膜潰瘍甚至角膜穿孔。板層角膜移植無法治療真菌感染，所以對于嚴重真菌感染，已經直接威脅眼球，易發生角膜穿孔，可能需進行角膜全層移植，控制病灶發展。此外，可以考慮進行全身抗真菌治療，但眼睛局部抗真菌治療更加重要。