針對尿道真菌感染較主要的治療手段是應用抗真菌藥物進行治療，比如常用的氟康唑、伊曲康唑，可較有效殺滅真菌。還可根據患者的具體情況，采用口服或靜脈用藥的方式使用抗真菌藥殺滅真菌，從而治療感染。除此之外，很多出現真菌感染的患者本身有一定的易感因素，如真菌感染繼發于全身的細菌感染之后，出現二重感染，可能患者本身機體的免疫力受到打擊，此時需要根據患者的具體情況，采用綜合的治療辦法。如糖尿病患者應用激素時，需要控制好血糖，調整激素的用量，改善患者的一般狀態以及自身抗感染的能力。另外，部分患者可能是因為留置尿管出現真菌感染，此時需要及時更換尿管。