口腔真菌感染為微生物感染，除發生在口腔，其他部位也較多，最常見的為腳癬，即腳氣。對于真菌感染，需先進行化驗明確是否為真菌感染。明確真菌感染后，可進行抗真菌治療，而抗真菌藥物分為局部含片或口服藥。抗真菌藥物種類特別多，在藥物治療的同時需尋找出現真菌感染的原因。如患者血糖高，或患者戴假牙、貧血、長期服用抗生素，此種情況較易出現真菌感染。故除用抗真菌藥物來治療口腔真菌感染，還需糾正引起口腔真菌感染的誘因，否則真菌感染較易復發。 目前對于口腔的真菌感染，效果最好、陽性率最高、最準確的化驗方法為進行唾液的真菌培養。將唾液提取在培養基上進行培養，若長出真菌，不但可判斷存在真菌，還可判斷真菌的類型。必要時還會對培養的真菌進行藥物敏感試驗，來確定最有效的抗菌藥。