內鏡檢查對炎癥性腸病的診斷具有難以替代的價值。目前通過腸鏡檢查來評判治療的好轉，所以復查時要用腸鏡檢查治療是否達到目標，所以建議選擇腸鏡進行復查。腸鏡復查時間要根據病情來決定，一般首次治療后依照治療方案的不同，會在三個月至半年內進行腸鏡復查。如復查達到目標，則根據病情的具體情況，半年或者一年左右再復查一次。目前暫無較好的替代方法，一些輔助檢查，例如抽血檢查炎癥程度，做磁共振、腸道CT成像，包括腸道超聲，可幫助但不能準確知道腸道病變情況。所以建議做腸鏡進一步確診，后期治療也建議選擇腸鏡作為隨訪檢查。