肛瘺的治療原則是盡早手術，因為是炎癥性疾病，手術盡量建議采取腰麻，只有良好的麻醉才能夠暴露要處理的內口，順利找到肛瘺的內口后將一些瘺管壁的炎性組織處理干凈。肛瘺手術的復雜在于有沒有跨過括約肌，一旦經過整個瘺管的病灶跨過括約肌，就要盡量采用掛線的方法來保留括約肌，以保護肛門的功能。一張凳子最少要有三個腿，三個腿缺一不可，因此肛瘺手術的三個要素也缺一不可，具體為： 1、手術過程當中要處理內口； 2、整個術后的恢復過程當中，局部創面的干凈非常必要，因此強調患者個人的局部護理，盡量要讓傷口24小時保證干凈，才能夠有一個良好的愈合環境； 3、整個愈合過程中，保證創面能夠齊頭并進的達到整體愈合的過程，如果出現有的地方長的快，有的地方長的慢，就容易出現愈合不良，因此建議要定期回醫院進行隨訪，請主刀手術的醫生進行處理。