肛瘺難以實現自愈，一旦確診后就應該準備早期進行手術治療，以免反復發作病情加重再手術，增加患者負擔。手術方式應該根據病人的病情來決定，但是不論哪一種手術，治療原則首先是保護患者肛門的功能，采取無痛微創整形手術，盡可能減少損傷肛門括約肌，以免造成術后肛門失禁。主要的手術方法有瘺管切除術、肛瘺切開術、肛瘺切除縫合術、肛瘺掛線術、肛瘺切開掛線術，還有肛瘺切開掛線對口引流術，要跟據不同的病人選取不同的手術方式。