如果是扁桃體本身的疾患，比如累次發作的急性扁桃體炎、扁桃體周圍膿腫，還有小兒由于扁桃體增生、肥大造成上呼吸道不暢，出現呼吸困難或者吞咽不便，甚至于晚上睡眠出現打鼾，睡眠不好，還影響小孩顱面部的發育，這種情況下都需要行扁桃體摘除術。還有其它的如扁桃體角化癥或者扁桃體腫瘤，也要進行扁桃體手術切除。慢性扁桃體炎可以引起鄰近周圍的病變，如反復發作的鼻炎、鼻竇炎、咽喉炎、中耳炎，還有淋巴結炎癥，如果確定與扁桃體炎癥有關，可以施行扁桃體切除術。扁桃體還可以作為病灶引起全身其它臟器改變，如風濕熱、風濕性心臟病、關節炎以及腎炎風濕性腎炎等，均可以考慮行扁桃體切除術。