重癥肌無力的治療包括對癥治療，即改善癥狀，如使用溴吡斯的明藥物，該藥物可以讓肌無力癥狀顯著改善，但最主要的是給患者進行對因治療，即免疫調節治療。免疫調節治療分為一線、二線、三線，一線治療通常是激素類藥物和丙種球蛋白治療，可以相對比較快速的改善肌無力癥狀，但丙種球蛋白是針對危象或重癥患者的治療，只需要使用5天，1個月后可以進行重復。但激素治療是非常長期的治療方法，一般按照1mg/kg體重強的松量給患者用到1-2個月，然后2周半片或2周1片的減量，減到半量時，即0.5mg/kg體重時還需要維持很長時間，再開始逐漸減量，部分患者改善到2-3片時便不能繼續往下減，再往下減大多數患者容易復發。所以針對重癥肌無力的患者，2-3片激素是終身用藥，激素治療是一種相對可控副作用偏小的方法，如果藥物控制不好，還要選用他克莫司、環孢素A、硫唑嘌呤等藥物，該類藥物副作用大，但其改善或維持作用對于激素抵抗型患者更好。該類藥物的使用到了后期因人而異，部分可能需要2-3年，部分甚至需要更長的維持時間。