卵巢妊娠一旦確診，最終的結局是流產或者破裂，在腹腔內出血會引起腹痛和陰道流血，后果是比較嚴重的。所以一旦確診為卵巢妊娠，要盡早把病人收住院。如果是出血或者流產癥狀發生不是很明顯，可以進行腹腔鏡手術，把胚胎組織取出；如果出血特別多，導致失血性休克，也可以做剖腹探查手術。由于腹腔鏡手術技術迅速的發展，近幾年也是以腹腔鏡的手術開展診斷或者治療，開腹手術較少。手術過程當中可以根據妊娠的部位選擇保守性的手術還是破壞性的手術，即根治性的手術。保守性手術，可以進行卵巢的部分切除，把胚胎的部位切除，保留卵巢的功能；也可以做卵巢的楔形切除，或者直接把卵巢或者患側的輸卵管全部切掉，稱為根治性的手術。