大腦不同的腦區灰質主管不同的功能。抑郁癥主要是一種情緒的障礙，與大腦中主管情緒的皮層都有很大關聯，如杏仁核、前扣帶回、前額葉一些主管情緒的皮層。經顱磁刺激的原理就是給予情緒控制有關的皮層施加一個短時的磁場刺激，達到情緒調控的目的。一般的療程會在30分鐘左右。已有的研究表明，40%的重度抑郁患者在進行經顱磁刺激的治療之后，自殺觀念可得到一定程度的改觀。