子宮內膜異位的組織腺體或者間質出現在子宮體以外的部位，稱為盆腔子宮內膜異位癥。絕大部分的盆腔子宮內膜異位癥都可累及盆腔腹膜，其中以卵巢、宮骶韌帶最為常見。主要的癥狀是下腹疼痛以及痛經、月經紊亂、不孕以及性交不適；累及到其他部位的，比如腸道、膀胱、輸尿管、剖宮產切口以及會陰側切，會發生相應的一些癥狀，繼發性進行性加重的痛經是盆腔子宮內膜異位的特點。巧克力囊腫是子宮內膜異位到卵巢形成的囊液，像巧克力一樣而得名。巧克力囊腫存在著破裂的風險，一旦破裂，囊內容物流入盆腔可引起突發性的劇烈腹痛，伴惡心、嘔吐以及肛門墜脹，多半發生在行經前后、性交后以及其他腹壓增加的情況，癥狀與宮外孕以及輸卵管破裂相似，但沒有腹腔內出血。