巧克力囊腫是一種卵巢囊腫，這種囊腫本身并不是卵巢的囊性腫瘤，而稱為卵巢贅生性囊腫。這種贅生性囊腫本身并不來自于卵巢本身的細胞，而來自于外來的組織和細胞。之所以稱為巧克力囊腫，是因為囊腫內部液體是陳舊性血液的聚集，外表上類似巧克力樣的顏色，所以稱之為巧克力囊腫。 巧克力囊腫的根本原因是子宮內膜異位癥，正常子宮內膜存在于子宮腔以內，會隨著月經而脫落，并從陰道排出。當經血順著輸卵管流入盆腔內，而且沒有被機體清除的情況下，有可能會種植于卵巢。此處的內膜也會隨著卵巢激素的刺激而發生增生，并且發生脫落。久而久之則會形成包裹性囊腫，即巧克力囊腫。巧克力囊腫內的活性成分是宮腔內的子宮內膜，是子宮內膜異位癥的一種，也是最常見的一種。其可以引起疼痛，并引起不孕、包塊，因此患者同樣需要治療。