病毒性腦膜炎病程相對短，臨床預后相對比較好，治療效果比較好，是良性的自限性疾病。病毒性腦膜炎的治療分為三步： 1、病因治療，抗病毒治療藥物包括核苷類似物，阿昔洛韋主要針對單皰病毒，更昔洛韋主要針對巨細胞病毒，還包括阿糖胞苷、病毒唑這一類藥物。還包括非核苷類似物膦甲酸鈉，主要針對巨細胞病毒，還有蛋白酶抑制劑，主要針對人類皰疹病毒； 2、對癥治療，發熱需要退熱，頭痛需要鎮痛，出現顱壓增高就需要顱壓控制，注意維持水電解質的平衡； 3、如果病人比較兇險，合并腦炎及其它并發癥，需要處理并發癥。 但是總體而言其臨床預后很好，要規范治療。