泌尿系結石危害比較小時，即結石從腎掉入輸尿管，患者感覺非常疼痛，夜間急診很可能有20%-30%的病人都是該類病人。如果膀胱結石掉入尿道，患者可能會有急性尿潴留導致無法排尿，需要保留導尿。如果輸尿管結石長期梗阻，會引起腎臟重度積水。積水多可能會有感染，感染之后引起患者發燒、腰部疼痛，長期積水可導致腎功能逐漸喪失，雖然病人不一定有明顯癥狀，但如果積水超過了兩個月到三個月，甚至有些人一年以上再來做檢查，腎臟就變成薄薄的一層紙，完全喪失了功能，這部分病人非常可惜，可能沒有保留價值，需要切除腎臟。如果兩側都有結石梗阻，患者可引發尿毒癥，以后要做腎移植或長期透析。少部分病人結石所在位置可長期刺激黏膜，可能導致黏膜病變，黏膜惡變以后進一步影響患者壽命。以上雖然比較少見，但會引起非常嚴重的后果。