鼻內窺鏡手術是微創手術，在內窺鏡下能夠很清楚的發現病變或進行手術操作，其危險分為全身情況與局部情況。術前要對病人全身進行全面檢查，包括心電圖、驗血、彩超、CT、磁共振等，需查明病變本身范圍、大小、程度。另外，對病人全身情況要進行充分了解，對有其它重病者不考慮手術。此外，手術本身存在一定風險，因部位不同，手術方法不同，損傷程度不同，出現的危險程度也不同。容易出現最重要的危險是蝶竇手術，需避免傷及到視神經和頸內動脈，此外還包括鼻頂部手術，需避免造成腦脊液鼻漏、腦膜炎。