鼻內窺鏡手術會有一點疼痛感，但大多數患者可以耐受。鼻內窺鏡手術根據范圍可分小手術、中手術、大手術，可以應用于下鼻甲骨折外移、下鼻甲黏膜下的骨質切除、下鼻甲射頻消融、鼻中隔偏曲矯正、鼻息肉切除以及鼻腔、鼻竇息肉摘除，或鼻竇炎開放、眼眶減壓，即甲亢患者眼球突出，可進行眶減壓，以及顱底腫瘤、顱內腫瘤均可進行鼻內鏡手術切除。若手術較大、手術時間較長或患者本身的痛閾較低，可能感覺有些痛苦，且有些患者術后可能需要填塞材料，如油紗條、膨脹海綿，會加重痛苦。若手術較小、無需填塞，則痛苦較小。因此，痛苦感與多種因素有關，如手術大小、術后有無填塞以及患者疼痛閾的大小。若術后痛苦感較強烈，可使用止痛泵，也可口服止咳鎮痛藥，因此大多數患者能耐受鼻內窺鏡手術。