鼻內窺鏡術后不良或不應該發生的情況稱為鼻內窺鏡手術并發癥，并不是后遺癥。根據不同疾病，采取不同手術方式，不同的部位，則并發癥不同。如果做的是篩竇手術，若導致篩竇紙樣板遭到損傷，術后會出現眼眶周青紫；如果是損傷到內直肌，可以出現斜視；如果做鼻中隔手術時對黏膜進行損傷，造成鼻中隔黏膜對穿，容易出現鼻中隔穿孔；如果做鼻部后部或后組篩竇手術時，盡量不要造成血管損傷。此外，蝶竇手術時傷及頸內動脈或視神經，可以造成失明或大出血，鼻科大夫會盡量避免并發癥出現。