奧美拉唑可以在早上空腹服用。奧美拉唑不耐酸，通常制作成腸溶制劑，包括腸溶膠囊、腸溶片。用藥要求整粒吞服，避免嚼碎，否則容易免破壞腸溶衣。腸溶衣主要保護奧美拉唑在胃部酸性環境中不崩解，腸溶膠囊進入腸道后在堿性環境崩解，發揮藥效。奧美拉唑藥物說明書中提到晨起吞服，若疾病治療需要可夜晚再服用一次，具體服用時間及療程需遵醫囑。奧美拉唑也可同阿莫西林、鉍劑、PPI類藥物、克拉霉素等藥物進行三聯或四聯用藥，根治幽門螺桿菌。