奧美拉唑和泮托拉唑無法簡單地比較孰優孰劣，需要結合具體情況分析。兩種藥物都屬于質子泵抑制劑，都是抑制胃酸分泌的最后一步，所以通常用于治療各種原因導致的胃酸分泌過多的疾病，比如十二指腸潰瘍、胃潰瘍、反流性食管炎、胃食管反流病等。奧美拉唑上市時間相對較早，屬于第一代質子泵抑制劑，在臨床應用時間也更長。泮托拉唑上市時間晚，并且通常同劑量的泮托拉唑抑酸作用會弱于奧美拉唑。如果治療過程中需要合并使用其他藥物，比如合用氯吡格雷，則選用泮托拉唑會更好，因為泮托拉唑和氯吡格雷之間沒有不良的相互作用，但是奧美拉唑能夠抑制氯吡格雷活性，使氯吡格雷不能發揮應有的治療效果。兩個藥各有利弊，只有適合具體疾病治療的才是最好的藥物。