藿香正氣水治療灰指甲沒有任何的道理，因為灰指甲如果是真菌感染，真菌是一個微生物，，長到指甲上指甲是它的營養劑，在吃指甲的同時會把指甲破壞了，所以要把真菌給殺死才能治療灰指甲。藿香正氣水里面不含有抗細菌，抗病毒，抗真菌的成分，有時候可能是巧合，可能本身就不是真正的甲真菌感染，指甲可能血液循環不好，指甲周圍的皮膚沒有保護好，如果注意到這一點，周圍的皮膚好了以后，長出新的指甲，壞的指甲就沒有了。所以藿香正氣水治療灰指甲理論上不科學，如果不能夠殺死真菌，就沒有治療灰指甲的作用。