藿香正氣水治灰指甲是沒有用的，灰指甲是真菌感染引起的皮膚改變，特別是對指甲板較厚的患者，一般藥膏滲透不進去，藿香正氣水不會起到治療作用，但是也不能說一點作用都沒有，是根治不了灰指甲。灰指甲患者要到醫院檢查其是不是有真菌感染，有真菌感染以后，可以先吃抗真菌藥物，根據甲板的損害程度，醫生會選用不同的藥物和不同藥膏對其進行治療，甚至可以用中藥泡甲或者西藥處理，也可以中西醫結合把指甲剝脫，然后清除，而不用藿香正氣水處理。但是吃藥吃的時間較長，一般吃三個月，因為指甲從甲根部生長到甲的前端一般需要半年以上，所以這段時間患者也要有所準備。