食管癌的放療與化療是兩種不同的治療方式，毒副反應的大小并無可比性。 食管癌的放療是局部治療，主要的毒副反應是對放療區域內臟器造成一些損傷。食管位于兩個縱隔之內，涉及到肺時會出現肺損傷；涉及心臟時會引起心臟、心肌的損傷及冠狀動脈損傷；涉及到皮膚會引起皮炎。食管的上部與咽喉部連接，放療可引起咽喉部疼痛、咽喉炎等表現。食管下部與胃連接，部分患者需進行腹腔照射，會引起胃黏膜的損傷，甚至會引起周圍肝臟與腎臟的損傷。 食管癌的化療主要是通過口服或靜脈輸液，使藥物進入血液系統，以殺滅全身的腫瘤細胞，因此化療的影響為全身性影響。血液系統的損傷較為常見，如白細胞、血小板、血紅蛋白的損傷，肝臟、腎臟的損傷與黏膜皮膚的損傷。 化療的毒副反應通常出現得較快，程度較重，但患者恢復時間較快，不會造成長期的影響。放療的毒副反應出現得較慢，程度較輕，但延續時間較長，甚至有些慢性的反應會影響患者的一生。