抗甲狀腺素過氧化物酶升高，與甲狀腺的自身免疫反應有關，是診斷自身免疫性甲狀腺炎的主要指標。抗甲狀腺過氧化物酶高的存在，就代表甲狀腺細胞組織、正常結構被破壞。甲狀腺組織里面有大量的淋巴細胞浸潤，隨著甲狀腺組織破壞程度的不同，甲狀腺功能的表現也不一樣。甲狀腺組織輕度破壞，甲狀腺功能可以表現為輕微受損。甲狀腺組織嚴重破壞，甲狀腺就會出現功能減退。