慢性扁桃體炎屬于免疫器官反應，免疫器官的反應一經激發，若能得到很好的治愈，則其危害較小。慢性扁桃體炎本身危害較小，但其未能得到很好的治療后，病菌會隨著血液傳播至心臟、腎臟，或者皮膚、骨骼等部位，可引發風濕性心臟病以及風濕性腎病，皮膚病變多發生神經性皮炎，也即是常說的牛皮癬，還可引發骨關節疾病，所以慢性扁桃體炎的危害很大。由于慢性扁桃體炎還會引發孩子的慢性鼻炎、鼻竇炎以及中耳炎，因此建議慢性扁桃體炎一旦發作，應及時進行徹底的治療，以免產生后患。臨床上有大量的實例可以證明，慢性扁桃體炎的危害是很大的。