慢性扁桃體炎和慢性咽炎的區別，主要有以下幾方面：1、發病部位：慢性扁桃體炎的主要病變部位是扁桃體，腭扁桃體較為常見。腭扁桃體位于口咽腔，左右各一，扁桃體隱窩內發炎主要為腭扁桃體的慢性炎癥。而慢性咽炎的發病部位通常在咽部的黏膜，包括口咽部、鼻咽部以及下咽部的黏膜，主要病變部位在咽后壁以及咽側壁，包括黏膜、黏膜下腺體以及黏膜下的淋巴組織等；2、治療方法：慢性扁桃體炎的主要治療方法為藥物治療，也可采用手術治療。通常慢性扁桃體炎在藥物治療無效以及急性扁桃體炎每年反復發作3次以上，同時伴有全身的合并癥，比如心臟病或者血小板減小性紫癜以及腎炎等，則需要手術切除治療。如果扁桃體伴隨膿腫以及出現扁桃體周圍炎，也需要進行手術切除。慢性咽炎的治療通常為藥物治療，而且是局部藥物治療，包括霧化吸入治療、噴霧劑治療以及口含片、漱口水的治療。